中鐵上海設計院集團有限公司南京設計院（簡稱南京院），是一家歷史較長，重組而成的企業。前身是南京鐵路勘測設計院，始建于1981年，2008年12月25日，從上海鐵路局剝離，整體劃入中鐵上海設計院集團有限公司，組建成南京院，并于2009年3月16日掛牌成立，作為集團公司的分公司，自主經營、自我發展。

共享鐵道行業甲（I）級，市政行業（道路工程、橋梁工程、城市隧道工程、軌道交通工程）專業甲級，建筑行業（建筑工程）甲級，公路行業（特大橋橋梁）專業甲級，環境工程（水污染防治工程、物理污染防治工程）專項甲級，工程勘察綜合類甲級，工程測量甲級，工程咨詢甲級（鐵道、城市軌道交通、建筑、市政公用工程），工程監理甲級（鐵路、市政），工程監理乙級（房屋建筑、市政公用工程），公路行業（公路）專業乙級，電子通信廣電行業（有線通信）專業乙級，城鄉規劃編制乙級等資質證書。

設有線站、路基、道路、橋橋梁、建筑、結構、通信、信號、電力、給排水、工經等10余個專業，主要從事鐵路、軌道交通、市政領域的工程勘察設計、總承包、技術咨詢等業務。自成立以來，南京院堅持以生產經營及效益為中心，以質量服務為前提、積極開拓市場，努力打造市政、鐵路、建筑和總承包四個業務板塊。